Season ke-2 dari Anime AKB0048.Kisah Grup Idol AKB0048 masih berlanjut. Perlawanan mereka terhadap pemerintah untuk melindungi kehidupan hibran seni hampir mencapai klimaksnya. the Deep Galactic Trade Organization [DGTO] dan DES telah meningkatkan perlawanan mereka terhadap Hiburan.AKB0048 membawa kembali pemilihan umum dan posisi nova pusat dan kompetisi untuk melawan para penerus. Bagaimanakah kisah selanjutnya?.